Furono monaci greci a costruire il primo cenobio intorno alla metà del X secolo; la cupola interna dell'attuale chiesa deriva infatti da schemi bizantini. Gran parte di quanto ancora oggi vediamo risale però alla ricostruzione compiuta tra la fine del fine X secolo e gli inizi dell' XI da parte di Adelaide, la vedova di Ottone I. Nell'XI secolo l'abbazia viene affidata ai Benedettini e nel XII secolo viene sopraelevata di un piano. Nel XIII secolo si costruisce un avancorpo con portico e la Famiglia Doria adibisce a tomba di famiglia una sala dell'abbazia, mentre la torre ottagonale viene coperta da una cupola. Nel corso dei secoli il piccolo eremo si ingrandisce anche grazie alle numerose dominazioni che gli permettono di diventare un'abbazia ricca ma anche una golosa preda per i pirati. Dopo la prima frequentazione monastica, il complesso di San Fruttuoso di Capodimonte fu umile abitazione per pescatori, spesso covo di pirati, poi proprietà per secoli della Famiglia Doria, conosciuta soprattutto per la figura di Andrea Doria che nella battaglia di Lepanto nel 1571 sconfisse i Turchi. Per avvistare in tempo il pericolo che arrivava dal mare e poter proteggere il borgo, Andrea Doria fece costruire la grande torre che ancora oggi domina la baia, specchiandosi nel blu smeraldo del mare, su un fondo verde scuro di pini. Come sempre accade, al più risplendente fulgore succede una fase di decadenza e il complesso abbaziale viene adibito a rifugio per i poveri. Nel 1933 lo stato italiano inizia i lavori di restauro del complesso di San Fruttuoso, che nel 1983 la famiglia Doria Pamphili dona al FAI, insieme a 33 ettari di terra che includono, a ovest, Cala dell'Oro -eletta oggi a zona ripopolamento pesci e pertanto interdetta alla navigazione e al nuoto- la cinquecentesca torretta di avvistamento e parte del declivio boscoso. La storia del complesso di San Fruttuoso è senza dubbio legata a doppio filo a quella della Famiglia Doria, una delle più antiche e celebri della
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